인간과 요괴가 공존하는, 근대 일본. 인간과 요괴가 어울려 살 수 있게 하고, 아울러 인간과 요괴가 함께 얽혀 있는 사건들을 해결하고자, 일본에선 '요인성(妖人省)'이라는 관청을 만들게 된다. 이곳으로 '아케마키 케이', '요시노카즈라 리켄', '하나키리 칸류'라는 유능한 청년 군인들이 발령을 받게 된다. 그들은 같이 파트너로서 함께 일할, '자쿠로', '스스키 호타루', '본보리·호즈키'라는 반요소녀들을 만나게 된다. 자쿠로-케이, 스스키호타루-리켄, 본보리·호즈키-간류, 이렇게 총 3팀으로 구성되어 각지에서 일어나는 여러 사건들을 해결하고자 분투를 하는데...