25년 전 갑작스레 나타난 괴물 드래곤들에 의해 세계는 큰 변화를 맞이하게 되고, 이후 D라 불리는 이능력자들이 태어나기 시작한다. 오직 여성에게서만 나타나는 이 능력을 갖게 된 소년 모노노베 유우는 D능력을 가진 소녀들이 모이는 학교에 강제적으로 보내지고, 그곳에서 만난 이리스와 리자, 3년만에 재회한 여동생 미츠키 등과 함께 드래곤과 싸우기 위한 훈련을 시작한다.