"가자, 디지소울 차지!" 식사보다 싸움을 더 좋아하는 소년, 다이몬 마사루. 강적을 찾아다니던 그의 앞에 공룡 모습을 한 이상한 생명체가 나타난다. 그 생물의 이름은 '아구몬', 디지털 월드에서 온 디지털 몬스터. 다이몬은 아구몬에게 싸움을 걸고, 둘은 싸움 속에서 의기투합하게 되서 형님,동생하는 사이가 된다. 그러나 아구몬은 인간계에 나온 디지몬을 돌려보내고 관리하는 조직 DATS(Digital Accident Tactics Squad)로부터 쫒기고 있던 디지몬이었다. 이 둘은 DATS를 피해 도망가던 중 거대한 새의 모습을 한 디지몬 코카토리몬을 만나게 된다. 코카토리몬에게 투쟁 본능을 느낀 마사루는 그대로 도전하지만, 코카트리몬의 파괴행위로 인해 아구몬이 크게 다치게 된다. 이로인해 분노한 마시루가 코카토리몬을 향해 한 주먹을 날리게 되고, 이에 반응하여 마시루의 주먹에 디지소울이 깃들게 된다. 마시루는 디지소울을 이용해 아구몬을 지오그레이몬으로 진화시키고 코카토리몬을 쓰러트린다. 그리고 이런 모습을 본 DATS의 사령관 사츠마는 이 둘을 정식으로 자신들의 조직에 스카웃한다. 이렇게 DATS에 스카웃 된 마사루와 아구몬의 모험이 지금 시작된다.