시대는 메이지 64년. 무대는 도쿠가와 요시노부가 절대적인 권력을 차지하고 있는 또 하나의 일본. 국가는 자신들이 독점하고 있는 에너지원 '용맥'을 활용해서 에도시대와 근미래 과학기술이 뒤섞인 독특한 양상의 발전을 이루어냈다. 하지만 그 화려한 도시의 뒤편에서는 혁명의 불길을 피워올리고 정권 타도를 꾀하는 반체제파 조직 '쿠치나와'가 움직이려 하고 있었다. 그들의 처리를 지시받은 도쿠가와 정부의 비밀 조직 '누에'. 어린 시절 가족이 살해당했던 유키무라 사와는 누에의 처형인이 되어 그녀의 원수인 쟈노메를 찾고 있었는데....