때는 세기말이라 불리우는 1998년, 지구는 수많은 우주인들에게 노려지고 있었다. 그 중 케론별에서는 지구정복을 획책하며 다섯 명의 선행부대, 속칭 '케로로 소대'와 본대를 파견한다. 그러나 모종의 사고로 인해 케로로 소대는 현지에서 뿔뿔이 흩어져 버리고, 설상가상으로 지휘관을 맡고 있던 케로로 군조(현재의 중사)가 지구인 중학생인 히나타 후유키(강우주)에게 발각, 히나타 나츠미(강한별)에 의해 포획되어 포로가 된다. 거기다 주무기인 케론볼마저 빼앗기고, 믿고 있던 침공군 본대는 돌발상황에 의해 지구에서 철수, 사실상 케로로를 포함한 소대 전체가 현지에 고립되는 상황이 벌어진다. 결국 히나타 가의 식모(머슴)이자 말할 수 있는 진귀한 애완동물로 전락한 케로로 중사. 하지만 지구정복의 임무를 포기하지 않고 있는 케로로와 그 소대원들에 의해 오늘도 히나타 가(강한별 가족)는 사건에 휘말리는데…….