웨일즈의 마법학원을 수석으로 졸업한 네기 스프링필드는 정식 마법사가 되기 위한 시험으로 일본의 학교에서 교편을 잡으라는 시험을 치루게 된다. 짐을 싸들고 네기가 부임한 곳은 일본 최대의 학원도시 '마호라 학원도시'. 네기는 마호라 여학원 중등부 2학년 A반의 담임이 되어 대마법사 마기스텔 마기가 되기 위한 여정을 시작한다.