21세기 들어 출현한 신인류 디클로니우스가 인류를 위협하는 세계. 디클로니우스 루시는 인간들에 의해 실험대상이 되어 연구소에서 봉인 감시당하고 있었다. 그러나 돌연 사고로 인해 그녀의 구속장치가 풀려난다. 한편 대학입학을 위해 사촌인 유카가 살고 있는 카마쿠라에 온 코우타는 버스 정류장에서 유카와 재회한다. 그러던 중 둘은 유이가하마 인근에서 “뉴”라는 말밖에 하지 못하는 이상한 소녀와 만나게 된다. 이들은 기억을 상실한 이 소녀를 집으로 데려오는데…….