천재 해커소년 타카기 후지마루는 일본 정부 휘하의 비밀조직, THIRD-i의 멤버인 아버지를 두고 있다. 어릴적부터 남다른 해킹 능력을 보여줬던 후지마루는 어디까지나 흥미 차원에서 아버지의 조직활동을 조사하거나, FALCON이라는 닉네임으로 화이트 해커일을 하는 등 여러모로 비범한 일들을 벌였는데, 우연한 계기로 러시아發 바이러스인 BLOODY-X의 존재와, 이를 일본에 퍼뜨리려 하는 테러리스트의 음모를 알고 THIRD-i측에서 테러리스트들과 맞서 싸우게 된다.