대통령 경호실의 요원 ‘피트’와 ‘마이카’는 어느 사건을 계기로 외딴곳의 창고로 보내지게 되는데 이들이 보내진 곳은 정부가 수백년 동안 수집해온 신비한 유물을 모아놓은 창고 '웨어하우스 13' 이었다.. 이상한 그곳에서 ‘아티’박사와 함께 웨어하우스를 관리하라는 임무를 받게 되는데...