지나친 환경 파괴로 인해 황폐해진 미래는 이산화탄소 배출을 최소한으로 억제하려는 탄소경제가 세계를 지배하고 있었다. 위성을 통해 각국의 이산화탄소 배출량을 측정에 그에 따른 세금을 부과하는 탄소 경제로 인해 세계는 많이 바뀌었다. 일본의 수도 도쿄 역시 엄청난 변화가 일어났는데, 바로 도심에 거대한 산림을 조성하는 것. 그러나 이러한 산림은 지구 온난화의 재앙을 막지 못했으며, 오히려 도쿄를 열대 도시로 바꿔버리고 엄청난 폭우만 일어나서 사람들이 살던 터전만 잃어버리게 되었다. 결국 정부는 높이 4천 미터에 공중도시 '아틀라스'를 만들어 이주계획을 세우지만, 실제 들어갈 수 있는 자는 가진 자 뿐이었다.한편 이런 폭우와 건물을 집어 삼키는 식물들 속에서 두오모라는 자치구가 형성되고, 부패한 정부와 맞서 싸우는 메탈 에이지라는 게릴라 조직이 조직된다. 이러한 지상과 공중의 싸움은 약 반세기에 걸쳐 일어났으며 이제 두오모의 설립자 나기코의 소녀 호죠 쿠니코가 반란군을 이끌게 된다. 과연 20살도 안 된 소녀의 운명은 어떻게 될 것인가?