In Dark Blue volgt een team van undercover agenten. Carter Shaw(Dylan McDermott) is het hoofd van een undercover team van Los Angeles Police Department. Bijna niemand weet van hun bestaan af, zelfs bij de politie weten een paar het met maar. Het team bestaat uit een recent getrouwde politie agent, die moeilijkheden heeftmet zijn relatie; Een officier van welke zijn activiteiten niet helemaal zeker zijn of hij is over gestapt naar de "slechte kant"; En een onervaren politie agent die bij de groep is gekomen vanwege haar super talent in liegen en haar schaduwrijke verleden.