Dez anos após a missão no Morro do Turano, e depois de várias provas dadas da sua capacidade de liderança, o capitão Nascimento (Wagner Moura) é promovido a comandante-geral do BOPE (Batalhão de Operações Policiais Especiais) e sub-secretário dos Serviços Secretos do Brasil. Nas suas novas funções de maior responsabilidade, alarga as suas actividades colocando a luta contra o narcotráfico em primeiro lugar nas suas prioridades. Porém, aqui ele vai conhecer um inimigo diferente: gente que se move à sua volta e cuja ameaça e poder é muito maior do que o vulgar criminoso das favelas ou das prisões de alta segurança.