A jornada começa em uma pacata cidade em Kyushu, no sudoeste do Japão. Lá, Suzume conhece um jovem que lhe diz: “Estou procurando uma porta”. O que Suzume encontra numa ruína é uma única porta, já bastante desgastada, mas parecendo estar protegida de qualquer catástrofe. Atraída pelo poder da porta, Suzume toca na maçaneta… Nesse momento, uma sequência de portas começam a se abrir por todo o Japão, destruindo o que estiver por perto. Suzume precisa fechar esses portais para evitar ainda mais desastres.