A animação é ambientada um ano após a morte de Jean Grey, fato que desmantelou o supergrupo. Porém, Hisako Ichiki, também conhecida como Armos, uma mutante colegial que vive no nordeste do Japão, está sumida. Um chamado de emergência é enviado, e o fundador dos X-Men, Professor X, reune seu time mais uma vez para viajarem ao país do sol nascente, onde encontram um culto supremacista chamado U-Men.