На улицах Нью-Йорка растёт преступность благодаря подросткам. Телеведущая новостей Эйприл О’Нил во время съёмок наткнулась на панков, которые захотели её убить. Она упала в канализацию, но выжила благодаря четырём странным существам. Только потом она узнаёт, что это 15-летние черепахи-мутанты, размером с человека и искусно владеющие ниндзюцу. Их наставником оказался крыса-переросток, мастер по кличке Сплинтер. Он-то и поведал историю о том, что раньше он был человеком по имени Хомато Йоши, главным в клане ниндзя. Но из-за его завистника Ороку Саки он был изгнан и попал в канализацию. В это время в канализацию попал аквариум с маленькими черепашками. Позже в канализацию попал мутагенез, из-за которого черепахи выросли до человеческих пределов, а Йоши стал крысой. Крыса Сплинтер обучил черепах искусствам ниндзя и дал имена в честь художников эпохи Возрождения: Донателло, Рафаэль, Леонардо и Микеланджело. Эйприл становится их подругой и союзником, а черепашки находят старого врага Сплинтера - Ороку Саки по прозвищу Шреддер. Он захватил Сплинтера и предлагал перейти на их сторон