Dünya asil ve zenginler, fakir ve serseriler olarak ikiye bölünmüş. İyi vatandaşlar Tiphares’te varlık içinde yaşarken alt tabaka Scrap Yard adlı bir harabe şehirde yaşam savaşı veriyor. Tiphares’ten kovulmuş eski bir vatandaş olan doktor Ido bir gün yaralı bir cyborg kız bulur ve onu onarıp adını Alita koyar. Hikaye de asıl olarak bundan sonra, Alita’nın kimlik arayışıyla başlar