Die Sendung bestand aus verschiedenen Rubriken, die in ihrer Regelmäßigkeit und Dauer stark variierten. Die beiden Moderatoren kommentierten beispielsweise aktuelles Geschehen, was zuletzt jedoch weniger Platz eingenommen hat. Des Weiteren ermunterten zahlreiche Aktionen die Zuschauer dazu, an der Sendung teilzunehmen: So wurde ein Teil der zugesendeten E-Mails in der Sendung vorgelesen und beantwortet, daneben gab es wechselnde Aktionen. Zuletzt wurden die Zuschauer etwa dazu aufgefordert, im Grafikprogramm Paint einen Superhelden zu zeichnen, der den vorgegebenen schlägt. Zum Ende, selten auch in der Mitte, jeder Ausgabe trat zudem ein musikalischer Gast auf. Im Gegensatz zur allgemeinen Gestaltung des Abendprogramms bei GIGA handelte es sich bei Late Knights jedoch um keine Live-Sendung. Weitere Rubriken waren unter anderem die Auszeichnung Knight of the Week, welche wöchentlich an eine Persönlichkeit verliehen wurde, die nach Meinung der Moderatoren das Geschehen der vergangenen Woche geprägt hat und Late Knights vs., bei dem sich die Moderatoren gegen bestimmte Gruppen stellten.