Kaito Kuroba lebt ein normales Teenagerleben, abgesehen davon, dass sein Vater ungewöhnlich oft abwesend ist. Als dieser jedoch unter mysteriösen Umständen stirbt, erkennt Kaito, dass sein Vater ein Doppelleben führte und ein international gesuchter Verbrecher war, der Phantom-Dieb. Als er sich weigerte einer zwielichtigen Organisation beim Diebstahl des Pandora-Edelsteins behilflich zu sein, welcher beim Auftauchen eines Kometen eine "Träne" abgeben soll, die Unsterblichkeit verleiht, ließ die Organisation Kaitos Vater ermorden. Kaito schwört seinen Vater zu rächen und nimmt dafür dessen Identität als Meisterdieb an. Um der Organisation auf die Schliche zu kommen, sucht er nun selbst nach dem Pandora-Edelstein und hat als einzigen Anhaltspunkt, dass es ein großer Edelstein mit bizarrer Geschichte sein muss, der im Mondlicht rot leuchtet. So beginnt er alle in Frage kommenden Edelsteine zu stehlen, um sie nach erfolgtem Test nach dem nächsten Vollmond wieder zurückzugeben.