Die 13-jährige Lain lebt in der nahen Zukunft. Im Grunde ist sie ein ganz normales Mädchen, wenn auch etwas still und vereinsamt. Nur ihre Schulfreundin Alice (jap. Arisu) versucht sie gelegentlich aus ihrer selbstgewählten Einsamkeit zu locken. Eines Tages sind die Mädchen in ihrer Klasse vollkommen verstört, da sie eine E-Mail von einer Klassenkameradin erhalten haben, die kurz zuvor Selbstmord verübt hatte. Dieses Ereignis bringt Lain dazu, auch ihren alten Computer wieder einmal einzuschalten. Und tatsächlich, auch sie hat eine E-Mail von dieser Klassenkameradin erhalten, in der diese behauptet, daß zwar ihr Körper tot sei, sie selbst aber im Netz weiterlebe.