Es el futuro, la Tierra se ha convertido en una zona desolada llena de desiertos y los supervivientes trabajan para reconstruir sus comunidades. Daigo Otaki es un joven huérfano criado por su tío Gen. Daigo decide viajar a la ciudad de Victor Town (una ciudad ideal construida en el centro de una tierra estéril) y enlistarse en las Fuerzas Especiales Mechacon. En el momento de su llegada a Victor Town, Daigo termina en medio de un ataque sorpresa a la ciudad, por parte de un ejército de invasores equipados con armas muy sofisticadas. Desde ese momento Daigo se convierte en el piloto de Gordian el Guerrero, que lucha contra las fuerzas invasoras Madoctter.