Luego de varios Misterios resueltos, en Cueva Cristal, los padres de Velma tienen un museo con todos los disfraces de monstruos que el equipo puedo enfrentar. Cuando un extraño monstruo llamado Monstruo de las alcantarillas atacó Cueva Cristal, los chicos viajaron a una extraña tubería y encontraron un medallón. Este medallón tenía la foto de dos jóvenes, los cuales fueron miembros de Misterios S.A. Orignal. Un extraño hombre llamado Señor E les ha estado dando pistas en toda la serie, para resolver un gran misterio que ha estado oculto en Cueva Cristal. Luego el equipo conoce a un perico llamado Profesor Pericles, el cual les cuenta algo sobre el misterio. Con el tiempo se descubre que Pericles y el Señor E eran miembros del original Misterios S.A. y el misterio tiene marcado un Disco Planisférico que conduce a un gran tesoro encontrado por los conquistadores.