Kaito Kuroba es un estudiante corriente que perdió a su padre hace tiempo, el cual murió a manos de una misteriosa organización en extrañas circunstancias. Tiempo después, Kaito descubre la identidad de su padre, el famoso criminal internacional conocido como “1412, el ladrón fantasma”. Kaito asumirá ahora la identidad de su padre para vengarse de la organización que acabó con su vida, una organización misteriosa que busca la vida eterna. Magic Kaito actua como spin-off de Detective Conan. Los primero capítulos hacen las veces de precuela, y a partir de cierto punto se situa en paralelo a la misma. También esta es una versión alternativa/secuela del anime de Magic Kaito que se emitió en 2010 como OVAs de Detective Conan.