Ren Amamiya está a punto de ingresar a su segundo año de secundaria, tras ser transferido a la Academia Shujin en Tokio. Después de un particular incidente, su Persona despierta, y junto con sus amigos forman los "Phantom Thieves of Hearts" para reformar los corazones de los adultos corrompidos, robando la fuente de sus distorsionados deseos. Al mismo tiempo, una serie de crímenes extraños e inexplicables ocurren uno tras otro. Mientras por el día viven una vida normal como estudiantes de secundaria de Tokio, durante la noche recorren la ciudad impartiendo justicia como los Phantom Thieves.