Inazuma Eleven Ares se ubicará en un mundo paralelo, teniendo lugar después de los eventos del primer juego, y desarrollará la historia desde la perspectiva de tres protagonistas: Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori y Yuuma Nosaka. La historia gira en torno a un grupo de niños que viven en una isla y aman jugar fútbol. Su club de fútbol es abolido de repente, y la única forma en que pueden recuperarlo es ganar la Football Frontier. El protagonista Asuto Inamori y su compañía salen de la isla rumbo a Tokio para asistir a Raimon Junior High School y enfrentarse a Football Frontier. Pero su primer partido es contra el número uno Seishou Gakuen.