Sellados en antiguas joyas están los espíritus de los héroes que intentaron sin éxito unir China durante la época de los Tres Reinos. Estas joyas han sido esparcidas por todo Japón, pueden desarrollar todo el potencial de quienes las heredan. Sin embargo, los propietarios, conocidos como los Toushi, están atenazados por el ansia de batalla. Hakufu Shonsaku es una de esos luchadores. Así adquirió Hakufu el deseo de golpear a alguien, hasta que su madre la envía a Tokio, donde comienza a entrenar con los otros Tooshis y se embarca en el camino hacia su destino. Shin Ikki Tousen es una secuela directa de Ikki Tousen y sigue a la hermana menor de la protagonista, Hakufu Sonsaku, que participa en batallas escolares junto a otros usuarios de Magatama.