Ninja Kamui sigue a Joe Higan, un Nukenin, un ex ninja que escapó de su clan y se esconde de su pasado violento en la América rural con su familia. Una noche, es emboscado por un equipo de asesinos de su antigua organización que exige una retribución sangrienta a Joe y su familia por traicionar su antiguo código. Resurgiendo de su aparente "muerte", Joe resurgirá como su antiguo yo, Ninja Kamui, para vengar a su familia y amigos.