En el año 2012, Tokyo es atacada repentínamente por una misteriosa organización llamda "MU". Ayato Kamina es sólo un típico estudiante de instituto en ese momento. Su padre murió cuando erea joven, y su madre trabaja para el gobierno. Ayato conoce a una mujer misteriosa que se llama Reika Mishima y descubre la existencia de un robot gigante alado, Rahxephon. Aparentemente, Rahxephon, se ha sincronizado bien con Ayato. ¿Será la clave para salvar a Japón?