La historia de Hantsuki se centra en la incipiente relación entre Yūichi Ezaki y Rika Akiba, dos jóvenes de diecisiete años. Ambos están hospitalizados en la ciudad natal de Yūichi por sus respectivas condiciones médicas. Yūichi tiene hepatitis A, mientras que Rika tiene problemas con las débiles válvulas de su corazón. Ambos adolescentes se irán enamorando mientras pasan tiempo juntos. La historia está basada en Ise, tal y como lo indica el cartel que aparece al principio del opening del anime.