Junjou Romantica nos muestras tres historias de amor entre personas que tienen una cierta relación entre sí. La más importante y la que ocupa el plano central de la historia es la relación entre un importante autor de novelas BL, (Boys Love) Usami Akihiko y el hermano pequeño del hombre que ha amado desde hace años, Takahashi Misaki. Su relación comienza cuando el hermano de Misaki le pide a Usami que sea el tutor de Misaki y éste se traslada a vivir con Usami. Poco a poco lo que se formará entre ellos será algo más que la complicidad entre profesor y alumno. La segunda pareja la forman un compañero de universidad de Usami, Kamijou Hiroki, que lleva años enamorado de él, sin que este amor sea correspondido. Todo esto cambia cuando Kusama Nowaki, un huérfano y trabajador incansable se adentra en su vida. Finalmente, tenemos a la pareja formada por el colega de trabajo de Kamijou Hiroki, Miyagi You y el estudiante de preparatoria Takatsuki Shinobu, el cual entra en su vida pidiendole que se responsabilice por haberlo enamorado.