Dans une ville nommée Norrisville, le mal règne à cause d'un vil sorcier et de ses assistants, Hannibal McFist et William le vice-roi. Heureusement, l'impératrice Misako peut compter sur le Ninja pour sauver les habitants de cette ville. Ce qu'ils ignorent, c'est que le Ninja qui doit les protéger pendant huit cents ans n'est pas une seule et unique personne, et que cet être masqué qu'est le Ninja est en réalité une lignée d'hommes qui changent tous les quatre ans. Le nouveau consigné à cette tâche est Randy, un jeune adolescent en classe de seconde. Il se doit donc de suivre les traces de ses prédécesseurs Ninja en se mettant dans la peau de cet être.