Military! suit le quotidien de Yano Sohei, un étudiant otaku qui se retrouve au beau milieu d'une guerre féminine : celui-ci va devoir supporter que chaque opposante utilise des armes à feu pour faire valoir ses arguments… Parmi les filles militaires se trouve le lieutenant Rtgalnikov et le second lieutenant Haruka qui viennent tout droit de la principauté de Krakozhia. Elles sont chargées de protéger Yano Sohei d'une assassine envoyée par la république de Grania, Shachirofu...