Clarissa « Clary » Fray est une jeune adulte de 18 ans qui vit à New York avec sa mère et étudie l'art. Lors d'une soirée dans un club new-yorkais, elle assiste au meurtre d'une femme par trois jeunes étranges qu'elle seule semble voir et tue par accident un homme. De retour chez elle, sa mère, Jocelyn, lui révèle leurs véritables nature : elles descendent d'une longue lignée de Chasseurs d'Ombres. Mais avant de pouvoir lui en dire plus, des hommes viennent les attaquer, ce qui pousse Jocelyn à téléporter Clary ailleurs. Clary fait alors la rencontre de Jace, l'un des jeunes du club mais surtout un Chasseur d'Ombres. Au côté d'autres Chasseurs d'Ombres, il lui fait découvrir l'Institut ainsi qu'un monde surprenant et peuplé de Créatures Obscures telles que les vampires, les loups-garous et autres démons. Clary va tenter de comprendre ce monde particulier auquel elle appartient depuis toujours sans le savoir et de sauver sa mère.