Un groupe de 15 étudiants se retrouve piégé dans un lycée très spécial. L’école est sous la direction d’une peluche appelée Monokuma. Ce dernier leur explique que leur diplôme s’articule autour d’assassinats. La seule façon d’obtenir le diplôme est de tuer l’un de leurs camarades de classe sans être découvert. Si les autres découvrent l’identité du tueur, celui-ci est le seul a être exécuté. Toutefois, s’ils ne parviennent pas à le démasquer, seul l’assassin est diplômé et les autres sont annihilés.