En 2035, le Japon a connu un accident très grave nommé le "Burst". A cause des nombreuses recherches scientifiques du Japon, ils ont réussi à créer une forme de vie artificielle nommée "Matter". Cependant, cette forme de vie a envahi toute la région de Kurobe. Les scientifiques ayant survécu à ce désastre artificiel, se sont réunis dans une ville sous ordre du gouvernement pour trouver une solution. Deux années plus tard, Tachibana Aiko, une jeune lycéenne qui a perdu sa famille à cause de la catastrophe apprend quelque chose d'incroyable de la part de Kanzaki Yuya, un nouvel élève transféré le jour même. Un secret concernant la "Matter" est caché au plus profond de son corps. Ce secret peut soit sauver les humains ou les anéantir complètement...