Sur la planète Mobius, le règne de la reine Éléonore 1re se fait sans souci. Un jour, lui naissent trois enfants : Sonic, Sonia et Manic. Malheureusement, le maléfique Docteur Robotnik la renverse et s'empare du trône royal. Elle va alors voir l'oracle qui lui dit qu'un jour, elle et ses enfants mettrons fin au règne de Robotnik. Mais pour que ses enfants restent libres, elle doit s'en séparer. Elle confie alors ses enfants à trois familles, puis s'éclipse. Sonic est recueilli par une famille de clandestins, Sonia par une famille d'aristocrates, et Manic se fait enlever avant d'être à nouveau recueilli. Enfant, Sonic est témoin de l'arrestation de ses parents adoptifs. Il s'échappe et trouve refuge chez son oncle. Un jour, la fratrie royale est réunie. L'oracle lui révèle alors les pouvoirs des médaillons et lui remêt une carte indiquant la route à suivre avant de disparaitre. Sonic, Sonia et Manic partent alors à la recherche de leur mère.