Dans un avenir proche, en 2018 plus précisément, l'Humanité a commencé à coloniser les océans. Des communautés sous-marines s'érigent sous le niveau de la mer, de vraies villes capables de subvenir à leurs besoins énergétiques et alimentaires. Mais rien de pacifique dans tout cela : malgré ce nouveau potentiel, des conflits se déclarent un peu partout de par le monde. L'Organisation des Océans Unis dépêche donc un sous-marin, le SeaQuest DSV, dans les océans. Son capitaine, Nathan Bridger, a pour mission de garder le monde en eaux calmes, et de patrouiller d'une communauté sous-marine à une autre.