La naissance de deux jumelles, qui font partie de la descendance des Kushinada, provoque le réveil des Aragami. Kunikida (chef du BST, Bureau de la Sécurité Territoriale en VF) adopte alors Kaede, l'une des deux jumelles, et l'élève comme sa propre fille. Malheureusement, elle disparait à l'âge de 15 ans dans un immeuble infesté d'Aragami. Le BST fait aussi des recherches pour reproduire le pouvoir des Kushinada avec la technologie moderne, ils découvrent alors une céramique spéciale qui peut bloquer les pouvoirs des Kushinada. Mais avant que le gouvernement ne détruise la formule de la céramique, les Aragami volent une partie du précieux matériau pour s'en servir contre les Kushinada. Cependant même si Kaede a disparu, il reste la deuxième jumelle, Momiji, qui va devenir l'objectif principal de la BST. Momiji rencontre tout d'abord Kusanagi, un jeune homme qui s'est fait implanté 8 magatama (c'est une graine en forme de 9 qui contient l'âme d'un Aragami) afin de protéger Kaede. Cependant cette dernière est morte et il en était tombé amoureux, il en veut donc beaucoup à Momiji qu'il décide de tuer pour se venger des Aragami. C'est tout du moins ce qu'il essaye de faire croire.