En 1999, un gigantesque vaisseau spatial extraterrestre s'écrase sur l'île de Macross dans l'Océan pacifique alors que les nations du monde étaient en guerre. Les états du monde, conscient du danger que peut représenter un peuple extraterrestre ayant atteint cette technologie, s'unissent pour restaurer le vaisseau, créant le SDF-1 Macross (Super Dimension Fortress-1). En 2009, alors que l'on s'apprète à inaugurer le SDF-1, des vaisseaux extra-terrestres s'approchent de l'orbite terrestre. Souhaitant en premier lieu éloigner la menace extra-terrestre de la Terre, le commandant Gloval ordonne un vol hyperspatial pour se rapprocher de la Lune ; mais en raison d'un dysfonctionnement, le SDF-1 entraîne une partie de l'île l'ensemble se rematérialise sur l'orbite de Pluton. Après le rapatriement de 56 000 civils à bord, le SDF-1 tente de regagner la Terre…