En 1889, Jean, un jeune garçon, et son oncle sont venus pour participer à un concours d'aviation à l'Exposition Universelle de Paris. Jean rencontre sur place Nadia, une jeune acrobate poursuivie par trois étranges personnages : Gladys, Caïus et Titus. Ces derniers désirent s'approprier (dérober, plus exactement) le pendentif, orné de la pierre bleue, que Nadia porte autour du cou. Jean va donc aider Nadia à leur échapper et après nombres péripéties les deux adolescents se retrouveront dans le Nautilus, un sous-marin ultra sophistiqué commandé par le mystérieux capitaine Nemo...