Phantom... Tel le nom qu'on donne au meilleur assassin de toute la pègre. Un assassin dont personne ne connaît l'apparence, tout individu qui le croise est liquidé sur le champ. Reiji est un jeune garçon parti voyager aux États-Unis. Il a le malheur d'assister à un assassinat opéré par Phantom, qui n'est en réalité qu'une jeune fille de son âge. Cette dernière le prend en chasse... Au moment où elle s'apprêtait à le tuer, une voix lui dit d'arrêter. Reiji est emporté dans un lieu secret qui appartient à une étrange organisation désignée sous le nom de Inferno. Là-bas, il subira un lavage de cerveau et un entraînement qui le destinera à être un nouveau Phantom, qu'ils appelleront Zwei (le 1er Phantom étant donc Ein). Inferno pense contrôler les Phantoms, pourtant cette certitude va rapidement être mise à mal...