Tre anni dopo gli eventi narrati in Banlieue 13, la pace nel riottoso e autogestito distretto 13 è ancora sfuggente. Le autorità non hanno mantenuto la promessa di distruggere il muro e riaprire il quartiere, lasciando recintati come in un ghetto tutti gli abitanti della Banlieue, che dopo la morte del boss Taha, si sono divisi in cinque fazioni. Leïto e Damien tornano nel quartiere per cercare di fermarne l'imminente distruzione per ordine dello stesso Presidente della Repubblica, manipolato da Walter Gassman, capo della sezione militare DISS.