Sasameki Koto racconta la vita scolastica di due liceali, Sumika Murasame e Ushio Kazama, e del loro gruppo di amici. Sumika è segretamente innamorata di Ushio, alla quale non riesce a confessare i suoi sentimenti poiché lei è interessata soltanto alle ragazze piccole e carine, mentre invece Sumika è molto alta e sportiva. La storia, dai toni leggeri e tipici di una commedia scolastica, ruota intorno ai tentativi di Sumika di far capire i propri sentimenti ad Ushio che gradualmente prende coscienza dei suoi sentimenti e di quelli degli altri personaggi.