Madoka Kaname e Sayaka Miki, amiche e compagne di classe delle scuole medie, incontrano una creatura di nome Kyubey che con l'aiuto della maga Mami Tomoe offre loro la possibilità di realizzare un desiderio e diventare maghe. Un'altra maga, Homura Akemi, tenta però in tutti i modi di dissuadere Madoka dallo stipulare il contratto con Kyubey.