La storia è ambientata nello stesso mondo di "Negima", ma nel futuro, ad alcuni decenni di distanza dalla conclusione delle avventure di Negi e compagne. In un tranquillo villaggio di campagna, il giovane Tōta vive serenamente con la professoressa Yukihime, che lo ha adottato dopo la morte dei suoi genitori. In seguito ad alcuni eventi, Tōta si imbarca in una lunga avventura per raggiungere la capitale Neo Tokyo, crocevia degli eventi mondiali e dell'esplorazione spaziale. Un viaggio ricco di azione, visto che Yukihime in realtà è la vampira immortale Evangeline Mc.Dowell. Durante il suo viaggio Tōta incontra tanti nuovi amici e chissà che presto o tardi non inciampi anche nell'amore...