La narrazione ruota attorno al protagonista Battōsai Himura (parzialmente basato sul personaggio storico dell'hitokiri Kawakami Gensai), spietato assassino, che a metà 1800 contribuì alla fine dello Shogunato Tokugawa, sul trono da 200 anni, e all'avvento del periodo Meiji. In seguito all'insediamento del nuovo governo, Battōsai scompare per tornare sotto nuovo nome: Kenshin. Ora viaggia con una "sakabato" (la lama della katana, con un solo filo, anziché essere rivolta verso l'avversario, risiede sul lato opposto), e il suo obiettivo sta nel proteggere le persone che incontra dalle ingiustizie. Nel suo viaggio, Kenshin si troverà coinvolto in combattimenti con samurai che non apprezzano il nuovo stile di vita pacifico (nella nuova era Meiji non è più permesso nemmeno a un samurai di portare la spada) e in complotti che cercano di restaurare la vecchia società feudale.