Nel 2011, senza l'energia della Matrice per regolarlo, il supercomputer Vector Sigma comincia a destabilizzarsi, aprendo il pianeta fino a un'invasione da parte Decepticon e i loro guerrieri Headmasters. Anche se gli Headmasters Autobot, guidati da Fortress Maximus, vengono per aiutare le sorti della battaglia, la vittoria non è loro, svantaggiati anche nel non avere il potere della Matrice. Nel corso del conflitto, Optimus Prime muore ancora una volta, e Hot Rod torna ad essere Rodimus Prime, lui ora è il nuovo leader degli Autobot su Cybertron, mentre su Athenia, dove hanno un secondo posto di comando, il rappresentante del potere è Ultra Magnus, che porta la sua squadra sulla Terra ad Autobot City. I Decepticon invece sono appostati nella loro vecchia base sul pianeta Chaar, mentre sulla Terra si trova Sixshot. Operando all'ombra di Galvatron, il leader degli Headmaster Decepticon, Scorponok, sta progettando la sua vendetta contro Fortress. Quando Vector Sigma produce una nuova lega, il Cybertonuron, Scorponok, progetta la distruzione di Cybertron cercando di salvare la lega, attento che non finisca nelle mani degli Autobot o di Galvatron. Quando Cybertron viene distrutto, si pensa che Galvatron sia morto, mentre Rodimus Prime, parte per un viaggio alla ricerca di un nuovo pianeta per i Transformers. Scorponok inizia subito un piano per sfruttare la potenza dell'energia al plasma, distruggendo Marte per la ricerca del suo piano malvagio. Tuttavia, Galvatron si scopre che è sopravvissuto e torna a prendere il controllo dei Decepticon, conducendoli in una serie di raid interplanetari allo scopo di raccogliere a sufficienza dell'Energon per varare il suo piano. In battaglia in Alaska, però alcuni Headmaster Autobot fanno crollare pezzi di ghiaccio su Galvatron uccidendolo, ma permettendo Scorponok di assumere la leadership ancora una volta. I Decepticon ritirati dal pianeta Master, portano diversi rifugiati per fuggire dalla Terra, quando un'esplosione di energ