All'inizio del 21° secolo il genere umano ha iniziato ad esplorare massicciamente i fondali oceanici costruendo nuovi insediamenti e dando vita a nuove comunità. I neonati territori si sono uniti in una organizzazione denominata UEO che sovrintende allo sviluppo e alla difesa delle colonie sottomarine. Il Capitano Nathan Hale Bridger è uno scienziato in forza presso la UEO che è riuscito a creare il sogno della sua vita: la realizzazione di una unità sottomarina: la seaQuest. Dopo aver appreso che la sua creazione sarebbe stata utilizzata per scopi bellici, Bridger ha lasciato la carriera militare e si è ritirato in un'isola deserta insieme alla compagnia di un delfino di nome Darwin.