Le vicende di Utena ruotano intorno alla protagonista del manga e dell'anime, Utena Tenjō appunto, un vero e proprio maschiaccio che durante la sua infanzia, dopo aver perso i genitori fu a tal punto impressionata dall'incontro con un misterioso principe da voler diventare un principe lei stessa. Come pegno della promessa di ritrovarla, quel principe regalò ad Utena un anello con su incisa una rosa. Utena frequenta l'Accademia Ōtori, un luogo imprecisato nello spazio e nel tempo, dove un giorno incontra una ragazza di nome Anthy Himemiya, maltrattata da un ragazzo - Kyōichi Saionji - che in principio la stessa Utena ipotizza essere il fidanzato di Anthy. Nonostante ciò, spinta dal suo carattere sempre pronto a difendere i più deboli, Utena interviene a favore di Anthy nel tentativo di proteggerla e si ritrova così coinvolta, suo malgrado, in una serie di eventi sui quali non ha alcun controllo e che, probabilmente, sono da ritenersi predestinati.