2029年、地中海沿岸でとてつもなく大きな地盤沈下が起こった。直径3キロにわたって地殻から突然「酸素」が消えたのだ。以来、地球上から様々な「元素」が消えていった。酸素、炭素、金、モリブデン、コバルト…。元素消失は、森林や畑、建物や古代の遺跡、そして生命までも消し去っていった。 人類は痛感した。『すべての物は元素からできている』 あの日から60年、人口は最盛期の10分の１に減少。調査研究の結果、消失した元素の行方が判明する。元素は次元の壁の向こうにあるもうひとつの地球「ネガアース」に流れ込んでいた。 地球の存亡をかけて、「エレメントハンター」が組織された。メンバーはすべて13歳以下の子どもたち。ネガアースにアクセスできるのは、脳の組織が大人より柔軟な子どもに限られていた…。