｢バグズ2号｣の惨劇から20年…地球では火星より飛来した未知のAEウイルスが猛威をふるっていた。 ＡＥウイルスのワクチンを作るには、火星へ向かい、ウイルスのサンプルを入手する必要がある。 「テラフォーマー」の攻撃をくぐりぬけて… 20年前の生存者、小町小吉を艦長としたクル―は、大型宇宙船「アネックス1号」に乗り、人類の存亡を懸けて、火星へと飛ぶ。 予想だにしないアクシデント、交差する各国の陰謀、更なる進化を遂げたテラフォーマー… 再び火星で繰り広げられる、極限サバイバル。 新たなる人体改造-MO手術-を引っ提げて、万物の霊長と害虫の王が、種の存続を懸けて戦う。